Los primeros agustinos llegaron a esta región a predicar el evangelio y fue Fray Juan de Moya, en 1553, quien congregó a los indios y fundó con ellos una doctrina, como entonces se llamaba a la reunión de nuevos catecúmenos.
En 1765, según la relación que hace el bachiller Don Joseph Marcelino Palomino, cura y juez eclesiástico del Partido de Cutzio, el pueblo de San Lucas aparece como uno de los pueblos que integraban este partido (los otros eran Cutzio que era la cabecera, San Juan Huetamo y Purechuchu).
San Lucas se encontraba habitado en este tiempo por 50 familias naturales con un número de 186 feligreses. El pueblo contaba con una parroquia de adobe, tejado de zacate y medía 30 varas de largo y 9 de ancho. En 1763 un temblor afectó la construcción de la parroquia que se encontraba a punto de caer y "aunque los naturales de dicho pueblo intentaron hacer otra, su pobreza no les dio lugar".
Por la Ley Territorial del 10 de diciembre de 1831, San Lucas aparece como Tenencia del Municipio de Huetamo. Fue elevado al rango de municipio, el 13 de enero de 1925.